Serial kelima ini tidak ada hubungannya dengan 4 seri lainnya. Seri kelima ini dimunculkan setelah masa kosong selama 3 tahun. Seri yang ini mengalami perubahan drastis jika dibandingkan dengan seri yang lainnya dalam desain karakter, alur cerita dan juga gambar untuk menjangkau penonton yang lebih luas. Ceritanya berfokus kepada tantangan yang dihadapi D.A.T.S. (Digital Accident Tactics Squad) sebuah organisasi yang dibuat untuk menjaga kerahasiaan Dunia Digital dan Digimon dari umat manusia dan untuk menyelesaikan masalah yang berkaitan dengan Digimon di bumi dalam kerahasiaan. Para karakter utama saat ini adalah Daimon Masaru / Marcus Damon dengan Agumon, Yoshino "Yoshi" Fujieda dngan Lalamon, dan Touma "Thomas" H. Norstein. Suatu saat Merkurimon (bukan Mercurymon salah satu dari human spirit of steel) pergi ke dunia manusia untuk mengambil Piyomon dan kembali ke dunia digital. Setelah kejadian itu tim D.A.T.S. memutuskan untuk pergi ke dunia digital untuk mengalahkan Merkurimon, ketika dalam perjalanan mereka bertemu dengan anak berumur 10 tahun bernama Ikuto bersama dengan partnernya Falcomon dan kemudian mereka bertarung. Setelah mereka bertemu dan kemudian dikalahkan oleh Merkurimon mereka lari ke dunia manusia dengan membawa Ikuto yang akhirnya bergabung dengan mereka setelah kematian Merkurimon oleh Gizmon XT. Setelah kejadian itu D.A.T.S. dihancurkan oleh Akihiro Kurata dan kemudian mereka pergi ke dunia digital dan disana mereka bertemu dengan BanchouLeomon yang akhirnya membuat mereka berhasil mengalahkan 3 bio-hybrid Digimon dengan kekuatan level istimewa yaitu ShineGreymon, MirageGaogamon dan Rosemon. Setelah itu satu persatu dari level istimewa bertarung dengan 3 bio-hybrid yang juga sudah level istimewa yang pada akhirnya itu hanya jebakan supaya Kurata bisa menghancurkan ElDoradimon di dunia manusia. Setelah itu Touma berkhianat dan bergabung dengan Kurata, kemudian dia menyerang Masaru dan ShineGreymon yang membangkitkan Digisoul kemarahan yang membuat ShineGreymon berubah menjadi ShineGreymon Ruin Mode yang mengalahkan MirageGaogamon, tetapi dia tidak bisa mengendalikan kekuatannya dan kemudian mengamuk dan akhirnya dia melakukan serangan bunuh diri dan menjadi digitama.Setelah kejadian itu Kurata membangkitkan salah satu dari Seven Great Demon Lords yang Bernama Belphemon Sleep Mode dan membuat kekacauan di dunia manusia dengan berubah menjadi Belphemon Rage Mode, kemudian tim D.A.T.S. bertarung melawan Belphemon Rage Mode bersama Touma yang kembali bergabung, tetapi Belphemon RM tak terkalahkan akhirnya digitama itu menetas dan Agumon kembali lahir yang akhirnya berubah menjadi ShineGreymon Burst Mode yang mengalahkan Belphemon RM yang sudah memakan space-osicilation bomb dan juga bergabung dengan Kurata serta telah menyerap seluruh listrik di kota, tetapi Kurata tidak diam begitu saja, dia mengaktifkan bom dan berakibat rusaknya pembatas antara dunia digital dan dunia manusia yang menyebabkan kemarahan Yggdrasil raja Dunia Digital. Setelah itu Masaru dan temannya pergi ke dunia digital untuk bertemu dengan Yggdrasil tetapi dihadang oleh Craniummon yang akhirnya hampir dikalahkan tetapi karena kedatangan Gallantmon dengan Royal Knights lainnya maka Masaru dan temannya kalah, disana Masaru juga bertemu dengan ayahnya yang ternyata adalah Yggdrasil tetapi ayahnya tidak mengenalinya dan memerintahkan Royal Knights untuk menyerangnya walaupun akhirnya diselamatkan oleh Sleipmon yang juga merupakan salah satu dari Royal Knight yang ternyata merupakan perubahan dari Kudamon partnernya Satsuma. Setelah itu Yggdrasil menyuruh Royal Knights untuk menghancurkan dunia manusia untuk melindungi dunia digital. Setelah BanchouLeomon menjadi batu untuk menahan dunia digital dan dunia manusia supaya tidak bertabakran akhirnya tim D.A.T.S. kembali pergi ke dunia digital dan bertemu Yggdrasil kembali dan menemukan bahwa BanchouLeomon itu adalah ayah Masaru yang sebenarnya yaitu Daimon Suguru yang berada di tubuh BanchouLeomon karena suatu alasan, kemudian BanchouLeomon mengorbankan dirinya supaya Masaru dan temannya bisa mengalahkan Yggdrasil. Tetapi, Yggdrasil ternyata belum kalah, ia muncul dengan bentuk seperti robot putih raksasa dan kemudian menyerang dunia manusia, para Royal Knights pun akhirnya membantu Masaru dan temannya untuk melindungi kedua dunia, pada akhirnya Agumon dan Masaru berhasil mengalahkan Yggdrasil dan membuat keadaan di kedua dunia kembali normal dan juga Daimon Suguru kembali hidup. Setelah itu para Digimon dan partnernya harus berpisah lagi, tetapi Masaru memutuskan untuk ikut pergi bersama Agumon untuk berpetualang di dunia digital.
